スクリプトエラーです。

初期設定ファイルを編集していて " ; " や " ' " とか " " " を消してしまったり、文法的に誤った記述をしている可能性があります。

または、.cgi や .pl ファイルをバイナリモードで転送していませんか？ ASCIIモードで転送してください。

または、パーミションが間違っているか、ファイルの設置構成と初期設定ファイルでのパス指定が間違っているか、などの原因が考えられます。

ただ、バージョンアップ直後だと、スクリプト自体のバグがけっこう可能性高いです(￣ω￣;)